Mali tiene una historia rica y relativamente conocida. Su territorio fue sede de tres grandes imperios: el Imperio de Ghana (300-1076), el Imperio de Mali (1235-1645) y el Imperio Songhai (690-1591).
Mali en la era colonial cayó bajo el control francés a finales del siglo XIX. Hacia 1905, la mayor parte de la zona estaba dominada por Francia, cuyo territorio se denominaba Sudán Francés.
A comienzos de 1959, Malí (por entonces la República Sudanesa) y Senegal se unieron para integrar la Federación de Malí, que obtuvo su independencia de Francia el 20 de junio de 1960. El retiro senegalés de la federación en agosto de 1960 le permitió a la antigua República Sudanesa formar la nación independiente de Malí el 22 de septiembre de 1960. Modibo Keita fue elegido como el primer presidente y estableció rápidamente un Estado unipartidista, adoptando a su vez una orientación africana independiente y socialista con fuertes lazos con la Unión Soviética, y llevó a cabo una extensa nacionalización de los recursos económicos.
En 1968, como consecuencia del creciente declive económico, el mandato de Keita fue derrocado en un cruento golpe militar dirigido por Moussa Traoré; solo muchos años más tarde, las protestas en contra del gobierno en 1991 condujeron a un golpe de Estado, seguido de un gobierno de transición y la realización de una nueva constitución.
En 1992, Alpha Oumar Konaré ganó las primeras elecciones presidenciales democráticas del país. Tras su reelección en 1997, el presidente Konaré impulsó reformas políticas y económicas y luchó contra la corrupción. En 2002, fue reemplazado por Amadou Toumani Touré, que fue reelegido en 2007.
El 21 de marzo de 2012 un grupo de militares derrocó al presidente Amadou Toumani Touré en un sangriento golpe de estado; los militares golpistas, que justificaron su acción por el insuficiente apoyo de Touré y su gobierno a los militares en su lucha contra los guerrilleros separatistas de etnia tuareg del norte del país, cerraron las fronteras del país y formaron una junta militar de gobierno.
El 3 de abril de 2011 el presidente Amadou Toumani Touré, tras la dimisión de Modibo Sidibe y de todo el equipo del gobierno, nombró como jefa del gobierno a Cissé Mariam Kaïdama Sidibé, la primera mujer de la historia que recubrió ese lugar en Mali.
Tras el golpe, los tuareg del norte se fueron apoderando de varias ciudades y ganando posiciones, aprovechando el vacío de poder y el 6 de abril de 2012, el Movimiento Nacional para la Liberación del Azawad (MNLA) proclamó, unilateralmente, la secesión de la región de Azawad. El mismo 6 de abril se organiza la Comisión Nacional para la Recuperación de la Democracia y Restauración del Estado, que dicta una nueva carta constitucional para una celebración de elecciones presidenciales al cabo de cuarenta días. Sanogo acepta su renuncia para abrir paso a las elecciones y Dioncounda Traoré (en función de presidente del senado) asume provisionalmente la presidencia de Malí el 12 de abril.
Cheick Modibo Diarra es nombrado Primer Ministro y tres de los ministerios más importantes -defensa, seguridad interna y administración territorial- permanecen ligados a miembros de la junta militar que llevó a cabo el golpe. De todas formas, el gobierno está formado sobre todo por técnicos y políticos.
Al mismo tiempo ha retomado la guerra civil, que llevó la etnia tuareg (laica) del Movimiento Nacional de Liberación del Azawad a unirse con algunos movimientos fundamentalistas (Ansar Dine) que forman parte del Grupo Salafista para la Predicación y el Combate (que luego será Al Qaeda del Magreb islámico, AQMI) y a tomar el control de la zona septentrional del País, llamado Azawad.
El 10 de enero de 2013 el presidente Dioncounda Traoré‚ en un discurso al pueblo, comunica que ha pedido y obtenido un intervento aéreo por parte de Francia, de acuerdo con la Ecowas, la comunidad económica de los páises de África occidental, contra los rebeldes de Azawad (el norte del País). Enseguida se liberaron las principales ciudades que habían caído en manos de los fundamentalistas islámicos, donde las tropas fueron aclamadas por parte de la población.
Las nuevas elecciones presidenciales del 28 julio y del 11 agosto de 2013, muy apreciadas por la ONU, vieron como ganador y presidente a Ibrahim Boubacar Keïta, muy apoyado por el Sur de Mali, elegido con el 77,62% de los votos. Su elección da garantía a una cierta continuidad a la clase política pre-golpe de 2012.